Собственно, не только пираты носили такие повязки. Любой моряк, которому нужно было часто наведываться в трюм, носил на глазу повязку. Причина была в том, что океан, освещённый солнечным светом, слепил глаза, а вот в трюмах было очень темно. Чтобы не тратить времени на привыкание глаз к смене освещения, один глаз моряки держали в постоянной темноте, а спускаясь в трюм, открывали его и сразу хорошо видели. Вот и весь фокус.